Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng tỉnh Sơn La (viết tắt là Quỹ) được thành lập tại Quyết định số 1535/QĐ-UBND ngày ngày 08/6/2009 của UBND tỉnh Sơn La để triển khai chính sách thí điểm chi trả dịch vụ môi trường rừng theo Quyết định 380/QĐ-TTg, ngày 10/4/2008 của Thủ tướng Chính phủ với mục tiêu là huy động các nguồn lực của xã hội để bảo vệ và phát triển rừng, góp phần thực hiện chủ trương xã hội hoá nghề rừng; Nâng cao nhận thức và trách nhiệm đối với công tác bảo vệ và phát triển rừng của những người được hưởng lợi từ rừng hoặc có các hoạt động ảnh hưởng trực tiếp đến rừng; Nâng cao năng lực và hiệu quả quản lý, sử dụng và bảo vệ rừng cho các chủ rừng, góp phần thực hiện chiến lược phát triển lâm nghiệp.

Quỹ được thành lập và hình thành đến nay trải qua 3 giai đoạn gắn với sự phát triển của chính sách chi trả dịch vụ môi trường rừng (DVMTR):

- Giai đoạn 2009-2012, Quỹ trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Nhiệm vụ chủ yếu là tổ chức triển khai thực hiện thí điểm chính sách chi trả dịch vụ môi trường rừng theo Quyết định số 380/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.

- Giai đoạn 2013-2017: Sau khi tổ chức tổng kết chính sách thí điểm, tháng 7 năm 2012, UBND tỉnh đã chỉ đạo Sở Nông nghiệp và PTNT xây dựng phương án kiện toàn lại Quỹ chuyển từ chế độ làm việc kiêm nhiệm sang chuyên trách theo Quyết định số 14/2012/QĐ-UBND ngày 14/9/2012 của UBND tỉnh Sơn La về ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng tỉnh Sơn La.

        - Giai đoạn từ năm 2018 đến nay: Quỹ chuyển từ trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về trực thuộc UBND tỉnh Sơn La theo Quyết định 2776/QĐ-UBND ngày 27/10/2017 của Chủ tịch UBND tỉnh. Tổ chức và hoạt động của Quỹ thực hiện theo Điều lệ ban hành kèm theo Quyết định số 1256/QĐ-UBND ngày 30/5/2019, được thay thế bởi Quyết định số 3179/QĐ-UBND ngày 21/12/2021 của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Sơn La. Cơ cấu tổ chức bộ máy của Quỹ gồm:  Hội đồng quản lý Quỹ, Ban kiểm soát, Ban điều hành, 03 phòng chuyên môn và 06 Chi nhánh liên huyện trực thuộc.

Sau 15 năm thực hiện chính sách Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng đã huy động được nguồn lực xã hội lớn cho tỉnh Sơn La qua ủy thác chi trả DVMTR của 88 đơn vị sử dụng dịch vụ thu được trên 2.262 tỷ đồng để chi trả cho gần 40.000 các chủ rừng đang trực tiếp tham gia quản lý bảo vệ và phát triển rừng trên địa bàn tỉnh Sơn La và 118,96 tỷ đồng tiền trồng rừng thay thế (gần gấp 2 -3 lần nguồn vốn ngân sách đầu tư cho chương trình bảo vệ và phát triển rừng của tỉnh hàng năm). Mức chi trả cho công tác bảo vệ rừng tại một số lưu vực cao gấp 3 - 4 lần so với kinh phí khoán bảo vệ rừng từ ngân sách nhà nước và so với các chương trình dự án trước đây, từ đó tạo việc làm, tăng thu nhập cải thiện đời sống người làm nghề rừng; hỗ trợ cho các tổ đội bảo vệ rừng trong  tuần tra canh gác bảo vệ rừng.